Wydział Informatyki PJATK oferuje naukę na studiach II stopnia - uzupełniających magisterskich, zarówno osobom, które ukończyły studia inżynierskie w PJATK,  jak i absolwentom studiów I i II stopnia innych uczelni.  Studia realizowane są w języku polskim (stacjonarne, niestacjonarne: zaoczne i internetowe) oraz w języku angielskim (stacjonarne).

Program nauczania jest dostosowany do jednolitego Europejskiego Systemu Transferu Punktów Kredytowych uzyskiwanych przez studentów na różnych uczelniach (ECTS - European Credit Transfer System). Jest równiez systematycznie dostosowywany do bieżących trendów, technologii i wymagań rynkowych. W każdym semestrze studenci mają do zrealizowania pulę przedmiotów obowiązkowych, wykłady do wyboru oraz przedmioty specjalizacyjne. Dzięki takim rozwiązaniom studenci mają wpływ na swój rozkład zajęć. Wszystkie zajęcia zakończone zdanym egzaminem i zaliczeniem dają studentowi punkty kredytowe (ECTS). Zajęcia fakultatywne studenci mogą wybierać wyłącznie w ramach swojej specjalizacji. Tematyka prac magisterskich dostosowana jest do zainteresowań studenta.

PJATK oferuje studia II stopnia na kierunku informatyka w następujących trybach:

• stacjonarnym 
  
• niestacjonarnym
• niestacjonarnym z wykorzystaniem metod i technik kształcenia na odległość (internetowe)

Absolwenci po zdanym egzaminie dyplomowym otrzymują tytuł magistra lub magistra inżyniera.